一般的な遺伝子発現データセットは、生体サンプル内のすべての遺伝子の発現レベルを記録します。このようなデータの一般的な分析には、（サンプル内で多くの遺伝子が差次的に発現していること、つまり生物学的状態に「トランスクリプトーム シグネチャ」があることを実証し、それをさらに調査すること、トランスクリプトーム シグネチャを形成する差次的に発現する遺伝子（DEG）を特徴付けること、および観察されたトランスクリプトームシグネチャに関与する転写制御ネットワーク (TRN) のコンポーネントを推測します。
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